kazun こんにちは!
SkeletonAnimation
コンポーネントに表示されているOrder in Layer
は、同GameObjectにアタッチされているMeshRenderer
コンポーネントのsortingOrder
が反映されているだけですので、以下のようにMeshRenderer
を取得してsortingOrder
に新しい値を入れれば変更できます。
this.GetComponent<MeshRenderer>().sortingOrder = 1;
ご参考になれば幸いです!